o WhatsApp restaura as mensagens apenas em sua primeira execução, forçando o usuário a fazer um "truque"-lo de modo a que o novo arquivo mesclado é restaurado após uma nova instalação. Se o seu telefone já vem com WhatsApp instalado e você não pode desinstalá-lo, basta redefinir o WhatsApp como explicado aqui.

Whatsapp - Restaurar um backup local