WhatsApp восстанавливает сообщения только при первом запуске, тем самым заставляя юзера "обмануть" его таким образом, что новый объединенный архив восстанавливается после новой установки. Если в Вашем телефоне WhatsApp установлен по умолчанию и Вы не можете удалить его, просто сбросьте WhatsApp так, как показано здесь .

Whatsapp - Restore from local backup