Это происходит если извлечение идет из старой резервной копии ITunes, так как WazzapMigrator не пропускает сообщения. Чтобы получить все Ваши сообщения, включая новые:

  1. создайте новую резервную копию ITunes,
  2. извлеките ChatStorage.sqlite снова,
  3. используйте WazzapMigrator с новым ChatStorage.sqlite и после этого переустановите WhatsApp